Các nhà khoa học đã đề ra ba giải pháp đối phó với hiện tượng này:

• Khai thác tất cả tiềm lực văn minh nhân loại để dự báo thời điểm chính xác suất hiện, dự báo đường đi và sức công phá.
• Không làm các công việc tiếp tay cho El Niño như phá rừng, thải khí cácbonic vào không khí, vì El Niño càng mạnh mẽ hơn nếu mặt đất thiếu cây xanh hay để xảy ra hiện tượng nhà kính.
• Chuẩn bị những điều kiện tối thiểu để sống chung với El Niño, ví dụ như xây nhà phao tránh lũ (đối với vùng lũ lụt) hay dự trữ nước (đối với vùng khô hạn)...